Am 27. September 1941 übernahm der Chef des Reichssicherheitshauptamtes (RSHA), SS-Obergruppenführer Reinhard Heydrich, die Macht über das Protektorat Böhmen und Mähren. Wenige Tage nach seiner Ernennung berief er in Prag eine Konferenz ein, auf der er verkündete, dass er innerhalb von zwei Monaten das gesamte Gebiet unter seiner Herrschaft von Juden „säubern” wolle. Eine seiner ersten Entscheidungen betraf die Schaffung eines sogenannten „Transitghettos für Juden”, von dem aus diese nach und nach in den Osten evakuiert werden sollten. Die Wahl fiel auf die Stadt Theresienstadt (deutsch Theresienstadt), etwa 60 Kilometer nordwestlich von Prag gelegen. Dort befanden sich relativ viele große österreichische Militärkasernen aus dem 18. Jahrhundert sowie eine nahe gelegene Eisenbahnlinie, die für den Transport der Juden zum und vom Ghetto genutzt werden konnte.
Während der Wannseekonferenz, die am 20. Januar 1942 stattfand, wurden „technische” Aspekte der Umsetzung des Programms zur „Endlösung der Judenfrage” diskutiert und es wurde angeordnet, Europa „von West nach Ost zu durchkämmen”, um alle Juden zu erfassen, insbesondere im Gebiet des Reichs einschließlich des Protektorats Böhmen und Mähren. Zu dieser Zeit wurde Theresienstadt als Altersghetto (Ghetto für Alte) bezeichnet. Die Stadt war für den angeblich „privilegierten” Aufenthalt von Juden aus Deutschland und Österreich vorgesehen – älteren Menschen, insbesondere Veteranen des Ersten Weltkriegs und Personen, die aufgrund ihrer sozialen und kulturellen Aktivitäten allgemein bekannt waren. Die deutschen Nazis glaubten, auf diese Weise die internationale Öffentlichkeit beruhigen zu können, die über das Programm der Evakuierung der Juden „nach Osten” besorgt war.
Im Juni 1942 beendeten die Deutschen die Vertreibung der Einwohner von Theresienstadt, und von diesem Moment an wurde die Stadt zu einem riesigen Lager-Ghetto. Während seiner gesamten Existenz erfüllte das Ghetto in Theresienstadt drei grundlegende Funktionen, die sich ergänzten und miteinander verbunden waren: Es war ein Sammellager für die „nach Osten“ deportierten Juden, ein Ort der Vernichtung durch Hunger und harte Lebensbedingungen, aber es wurde auch für Propagandazwecke genutzt.
Zunächst wurden Juden aus Böhmen und Mähren sowie aus Deutschland und Österreich nach Theresienstadt gebracht – insbesondere prominente und bekannte Persönlichkeiten. Bereits seit April 1943 wurden jedoch auch Juden aus den Niederlanden hierher deportiert, seit Oktober aus Dänemark, Ende 1944 aus der Slowakei und seit Anfang 1945 aus Ungarn. Insgesamt wurden ca. 140.000 Menschen in das Ghetto gebracht.
Es ist erwähnenswert, dass während der vom Dritten Reich durchgeführten „Evakuierungsaktionen” nach Theresienstadt ein sehr zynischer Trick angewendet wurde. Vor der Deportation mussten die Juden Formulare unterschreiben, in denen sie angaben, ihren Wohnort zu „wechseln”. Ihnen wurde versichert, dass sie als Entschädigung für das aufgegebene Eigentum eine angemessene Unterkunft im „Ghetto für Alte” erhalten würden. Durch solche Maßnahmen konnten die Deutschen einen „legalen” Immobilienaustausch durchführen. Bei ihrer Ankunft stellte sich jedoch heraus, dass die Unterkunft aus einem Etagenbett und zwei Quadratmetern Barackenfläche bestand, in der vor Jahren österreichische Soldaten untergebracht waren.
Die Zahl der im Ghetto Theresienstadt inhaftierten Personen stieg ständig an. Im September 1942 erreichte sie über 53.000. Die Bedingungen, unter denen sie leben mussten, waren tragisch. Infolge der enormen Überbevölkerung reichten die Strom- und Wasserversorgung schnell nicht mehr aus, es kam zum Ausbruch verschiedener Krankheiten, und Hunger sowie der Mangel an angemessener medizinischer Versorgung führten zu einer hohen Sterblichkeitsrate. Insgesamt starben über 33.000 Menschen im Ghetto, was bedeutet, dass fast jeder vierte Häftling starb. Besonders erschütternd ist die Tatsache, dass auch etwa 15.000 Kinder im Ghetto inhaftiert waren. Die Häftlinge versuchten, ihnen etwas bessere Lebensbedingungen zu verschaffen. Es wurden hastig Kindergärten eingerichtet, die sie jedoch nicht vor dem Tod bewahren konnten.
Von den ca. 140.000 in Theresienstadt inhaftierten Häftlingen wurden fast 87.000 in den Osten deportiert. Auch wenn in Theresienstadt nicht die ganze Wahrheit über das Schicksal der Deportierten bekannt war, wurde der Begriff „Transport” zum Synonym für Schrecken, Leid und Tod.
Die Deportationsmaschinerie wurde im Januar 1942 in Gang gesetzt. Bis Mitte Oktober wurden über 42.000 Juden aus Theresienstadt in die besetzten Gebiete Polens und der ehemaligen UdSSR deportiert. Die Transporte gingen unter anderem nach Riga, Izbica, Lublin, Bełżec, Sobibór, Treblinka, Maly Trostenets und Baranovichi bei Minsk sowie an andere Orte. In den folgenden Monaten wurden die Transporte nach Auschwitz geleitet. Seit Februar 1943 wurden die Deportationen unerwartet für sieben Monate ausgesetzt. Diese Entscheidung könnte mit der damaligen Lage Deutschlands zusammenhängen, die nach der Niederlage bei Stalingrad als zunehmend unsicher empfunden wurde.
Als das Internationale Komitee vom Roten Kreuz Anfang 1943 beantragte, eine Delegation aus Berlin zu entsenden, um das Ghetto Theresienstadt zu inspizieren, stimmten die Nazis dem zu und starteten die Aktion „Stadterneuerung”. Das Wort „Ghetto” wurde durch „Jüdisches Siedlungsgebiet” ersetzt, die Straßen erhielten neue Namen, die Bank der „jüdischen Selbstverwaltung” wurde gegründet und die Ghetto-Währung, die sogenannte Ghettokrone, kam in Umlauf. Die deutschen Behörden stimmten auch zu, dass Pakete aus dem Ausland nach Theresienstadt geschickt werden durften, ganz zu schweigen vom kulturellen Leben. Am 28. Juni 1943 organisierten Sipo-SD-Beamte, darunter Adolf Eichmann, eine Führung für Delegierte des Deutschen Roten Kreuzes.
